御薬園は室町時代に霊泉の湧きだしていたこの地に、永享4年（1432年）、蘆名盛久が別荘を建てたのがはじまりと言われている。その後の江戸時代の寛文10年（1670年）、会津藩2代藩主保科正経公が領民を疫病から救うために園内に薬草園を作り、3代藩主松平正容公が貞享年間に朝鮮人参を試植し、その栽培を民間に広く奨励したことが名前の由来となっている。
現在の庭園は、元禄9年（1696年）、正容公が、庭師目黒浄定を招き、小堀遠州の流れをくんだ、回遊園路を設けた、東側の背炙山の連山を背景とした借景池泉回遊式庭園本格的な大名型山水庭園に大改造した。
楽寿亭や御茶屋御殿の建物は、戊辰戦争時に新政府軍の傷病者の診療所とされ、戦火を免れた。昭和7年（1932年）10月19日に、徳川時代の代表的な大名型山水庭園として優秀なものとして国の名勝に指定された。
昭和54年（1979年）6月25日には旧薬園跡、池水取入口などが追加指定された。 MAP